Das Bildungswerk ist als Bildungswerk für Demokratie und Umweltschutz e.V. im Jahr 1982 gegründet worden. Die Gründer*innen waren ca. 40 Mitarbeiter*innen der politischen Bildung, die aus politischen Gründen aus anderen Einrichtungen entlassen oder ausgegrenzt wurden. Gründe der Ausgrenzung waren vor allem die Beteiligung am Aufbau der Alternativen Liste und die Teilnahme an politischen Aktionen, insbesondere an Aktionen der Friedensbewegung, die sich damals gegen die Nachrüstung organisierte.
Das Bildungswerk wollte ein Forum für Auseinandersetzungen des linken alternativen und ökologischen Spektrums sein und alternative Bildungsarbeit entwickeln. Die Themen der Initiativenbewegungen sollten in der Bildungsarbeit authentisch präsentiert werden. Die Bildungsarbeit war eng vernetzt mit den "sozialen Bewegungen" (Ökologie-, Frauen-, Friedens- und Eine-Welt-Initiativen). Die Referent*innen der Seminare waren häufig Vertreter*innen der Initiativen.
Das Bildungswerk war die erste parteinahe Landesstiftung der Grünen, geboren aus einer Ambivalenz von Kritik an den damals bereits etablierten parteinahen Stiftungen und dem Anspruch, eine andere, nicht parteidominierte alternative Stiftungsarbeit zu entwickeln. Nach zweijähriger Abwehr wurde das Bildungswerk für Demokratie und Umweltschutz schließlich 1984 in den Kreis der privilegierten Mittelempfänger*innen als parteinahe Stiftung der Grünen bzw. der Alternativen Liste aufgenommen. Die Landeszentrale für politische Bildung erkannte das Bildungswerk 1984 als Einrichtung an, die in den Genuß institutioneller Förderung kommen sollte.
Im Jahr 1987 bewilligte auch die Deutsche Stiftung Klassenlotterie (DKLB) die Anträge des Bildungswerkes und förderte die Bildungsarbeit entsprechend mit Projektmitteln. Diesen jährlichen Förderbetrag durch die DKLB erhält das Bildungswerk bis heute.
Die Reform der grünnahen Stiftungen, die im Stiftungsverband Regenbogen zusammengeschlossen waren, wurde 1994 wesentlich vom Bundesvorstand von Bündnis 90/Die Grünen angestoßen. Die seit langem schwelende Kritik an den grünnahen Stiftungen an Ineffizienz, Parallelstrukturen und "zelebrierter" Parteiferne, erhielt mit dieser Unterstützung entscheidenden Auftrieb. Im Stiftungsverband Regenbogen waren die Frauenanstiftung, die Heinrich-Böll-Stiftung (alt) und die Landesstiftungen (Buntstift) als autonome Gliederungen verbunden. Es gab im Grunde nicht eine Bundesstiftung, sondern drei, die sich die Fördermittel teilten, ansonsten aber über geringe Vernetzungen und kaum über gemeinsame Arbeitsstrukturen verfügten.
Die Stiftungsreform fand statt in Form einer Verschmelzung zur neuen Heinrich-Böll-Stiftung (HBS) geführt. Die Aufgaben der Frauenanstiftung sollten durch ein "Feministisches Institut" in der HBS übernommen werden (dem heutigen Gunda-Werner-Institut). Die alte HBS stellte ihren Namen zur Verfügung, ihre Aufgaben wurden in einer Abteilung für das Leben und Werk Heinrich Bölls und durch den Bereich Kunst und Kultur in der neuen HBS aufgenommen.
Die Landesstiftungen, die im Buntstift organisiert waren, bleiben auch in der neuen HBS erhalten, sie wurden integraler Bestandteil der neuen Stiftungsstruktur. Im Rahmen der Stiftungsreform kam es auch zu einer Umbenennung der Berliner Landesstiftung in "Bildungswerk Berlin der Heinrich-Böll-Stiftung".
Die Stiftungsreform hat das Verhältnis zu Bündnis 90/Die Grünen verändert: Aus einem eher distanzierenden Stil sind Kooperation und kritische Auseinandersetzung gewachsen. Die Unabhängigkeit des Bildungswerkes ist durch die Reform in Berlin nicht beeinträchtigt worden.
Die Vernetzung des Bildungswerkes mit Initiativen und NGO's in Berlin und die Offenheit gegenüber Projektideen sind im Bildungswerk Berlin der Heinrich-Böll-Stiftung wesentliche Grundlage in der Arbeit und den Strukturen. Neben dem Umfeld der Bündnisgrünen sind Projekte und Initiativen der Ökologie-, Frauen-, Menschenrechts-, und globalisierungskritischen Bewegung in Berlin die wichtigsten Kooperationspartner*innen und Zielgruppen der Bildungsarbeit des Bildungswerkes Berlin der Heinrich-Böll-Stiftung.