Als Berliner Landesstiftung arbeitet das Bildungswerk Berlin der Heinrich-Böll-Stiftung mit der Heinrich-Böll-Stiftung (Bundesstiftung) und den Landesstiftungen in den anderen Bundesländern zusammen. Die Landesstiftungen erhalten für ihre Arbeit von der Bundesstiftung eine finanzielle Ausstattung in vertraglich festgelegter Höhe. Zweimal im Jahr tagt die 49-köpfige Mitgliederversammlung, das oberste Beschlussfassungsorgan der Heinrich-Böll-Stiftung. Hier sind die Landesstiftungen mit je einer Person vertreten, was dazu beitragen soll, Themen und Belange aus den Regionen in die Diskussionen und Planungen einzubringen. Für das Bildungswerk ist das derzeit Stefan Gelbhaar. In den letzten Jahren erhielt die Zusammenarbeit von Bundesstiftung und Landesstiftungen eine neue Qualität durch so genannte Verbundprojekte. Zu diesen gehörten „Sonne, Wind & Wir!“, die Veranstaltungsreihen zum „Green New Deal“, das Projekt "Hochinklusiv - Zusammenhalt in einer vielfältigen Gesellschaft" und "Gut vertreten? Update für Demokratie".